Analyse de la forme des plis corticaux simulés par un modèle biomécanique

1 poste Informatique, développement, webmastering

Marseille (13005)

Offre publiée le 07/02/2019

Missions du stagiaire

Vos principales missions

Le plissement cortical est une caractéristique principale de la géométrie du cerveau humain, composée de gyri (crêtes) et de sulci (vallées). Plusieurs hypothèses ont suggéré différents mécanismes visant à expliquer le développement des plis corticaux. Sur la base de ces hypothèses biologiques, des modèles biomécaniques de plissement cortical ont été proposés. L’objectif de ce travail est d’utiliser des techniques de traitement d’images pour analyser et étudier la forme des patterns corticaux générés par des simulations biomécaniques sous différentes conditions initiales (forme cérébrale, l’épaisseur cortical, …).
Le futur stagiaire appliquera des techniques de description de forme pour des surfaces corticales générées par le modèle biomécanique déjà existant [1][2] (voir figure).

Numerical simulation of tangential cortical expansion from MRI data

 

L'accueil du stagiaire sera assuré dans l’équipe MeCA, spécialisée dans les méthodes de morphométrie cérébrale et dans l'étude de l'organisation corticale grâce à ces méthodes. Tous les outils et données nécessaires à la réalisation du stage seront fournis. Le stage inclura une part de développements méthodologique et informatique, qui seront réalisés principalement en Python ou Matlab.


[1] Tuomas Tallinen, Jun Young Chung, François Rousseau, Nadine Girard, Julien Lefèvre, and akshminarayanan Mahadevan, “On the growth and form of cortical convolutions”, Nature Physics, vol. 12, no. 6, pp. 588, 2016.
[2] Tuomas Tallinen, Jun Young Chung, John S Biggins, and L Mahadevan, “Gyrification from constrained cortical expansion” Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 111, no. 35, pp. 12667–12672, 2014.

Durée : 3-6mois
Niveau : M2 Traitement d’images/Informatique/Mathématique, Ecole d’ingénieur.
Lieu : Institut de Neurosciences de la Timone (http://int.univ-amu.fr/ ) , Marseille
Equipe : MeCA, Methods and Computational Anatomy ( http://meca-brain.org/ )
Supervision : Amine Bohi, amine.bohi@univ-amu.fr et Julien Lefèvre, julien.lefevre@univ-amu.fr

Le stage

Niveau d'études requis
Bac + 4/5
Date de début du stage
01/03/2019
Durée
3 mois
Indemnité mensuelle nette en euros
A négocier
Ville
Marseille

Employeur

Statut
Administration, établissement public, collectivité locale

Lieu du stage

Adresse
Institut de Neuroscience de la Timone, 27 bd Jean-Moulin
Ville
Marseille
Code postal
13005

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